V operaci NATO na území Afghánistánu (v silách ISAF) AČR působí na základě rozhodnutí vlády ČR a souhlasu obou komor Parlamentu ČR od 12. března 2004 (usnesení Poslanecké Sněmovny PČR č. 930 ze dne 25. 2. 2004, usnesení Senátu PČR č. 329 ze dne 28. 1. 2004).

V současné době zde působí již druhý kontingent AČR v celkovém počtu 15 osob (rotace proběhla ve dnech 10. – 22. září 2004. Jádro tvoří tzv. EOD tým, tj, tým pro vyhledávání a zneškodňování výbušnin a munice, dislokovaný na letišti v Kábulu; kde se vojáci AČR také podílejí na meteorologickém zabezpečení řízení letového provozu a plnění úkolů geografického zabezpečení). Velitelem 2. kontingentu AČR v silách ISAF je kapitán Ing. Zbyněk KOZA.

V rámci sil ISAF budou příslušníci AČR v roce 2005 působit na území Afghánistánu ve dvou lokalitách:

První lokalitou je Kábul (pokračování EOD týmu a meteo služby, účast může být doplněna také o další odbornosti, např. o lékařský tým).

Druhou lokalitou bude oblast provincie Fayzabád v severním Afghánistánu, kde se připravuje účast AČR ve společném Provinčním rekonstrukčním týmu (dále PRT), který vedou OS SRN.

Úkolem AČR je do tohoto PRT v březnu 2005 vyslat jednotku v celkovém počtu 40 osob.

Hlavním úkolem příslušníků AČR bude podílet se na zajištění bezpečného prostředí, ochrana vojenského a civilního personálu PRT Fayzabád, styčné úkoly a součinnost s místním obyvatelstvem